50kW太陽光発電の太陽光パネルは50kW分ではないのですか

ご質問ありがとうございます。

おそらくどちらも同じものを示すかと思うのですが、
仮に「【太陽光発電パネルの合計容量が50kWの場合】と【設備認定容量が50kWの場合】、それぞれの太陽光発電所の違い」
についてのご質問として、ご説明させていただきます。

ご説明に入る前に、設備認定容量のご説明をいたします。
設備認定容量（経済産業省が認可する太陽光発電システム容量）については、
「モジュールとパワーコンディショナーのいずれか小さい方の容量が設備認定容量（複数台のときは、各パワーコンディショナーについて小さい値を取り合計を取る）」になります。

※詳しくは、
太陽光発電を増設すると売電価格・売電期間・補助金はどうなりますか？»
リンク先の「太陽光発電を増設する時の注意点：10kW以上・10kW未満の考え方」をご参照ください。

よって、
前者の『太陽光発電パネルの合計容量が50kWの場合』は、パワーコンディショナーが50kW以上ですと設備認定容量は50kW、パワーコンディショナーが50kW未満ですと設備認定容量を50kW未満にすることができます。
50kW以上ですと高圧連系になり、費用負担が増大するため、50kW未満に抑える事が一般的です。

後者の『設備認定容量が50kWの場合』に関しては、太陽光発電パネルとパワーコンディショナーの小さい方の値の合計が50kWになる状態です。
これですと高圧になりますね。